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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已展现出广泛的的菌物吸附性，是指抗肺部肿瘤和抵抗毒反应。普通，三萜是按照甲羟戊酸前提条件结合的，并从自然花草和真菌孢子中抽取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的科学钻研整形论文。该科学钻研得知三萜类有机物虫草酸（GA）是依据液态物质培育的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物体学转换成引起的。使用转录组和营养素质组学能力进那步经历无柄虫草粉菌丝体中DHT引起多种虫草粉酸（GA）的机制化，并会根据多个学能力检测工具到的对比人类基因和对比营养素，推算DHT 生物体学获得 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和职能类型

利用对无柄灵芝粉病菌菌丝体来进行转录组测序共赢得67230个转录本和1429七个单染色体。在这单染色体中，494个被认定为文化差异呈现染色体（DEGs），各举213个呈现上浮，279个呈现调整（图1A）。GO含有定性解析后，DEGs包括生物学的时候中（BP）、癌神经细胞部分（CC）和团伙能力（MF）3类。在BP种类中，会出现了前三子种类：四环素化解产生的时候中，醋酸钠盐产生的时候中和甲酸盐产生的时候中;而在CC种类中，癌神经细胞外区、突触塑料体、突触成分是前三亚类。对MF种类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、空气氧化抹除酶吸附性和酸氨（或酰胺）相连接酶吸附性是前三亚种类（图1B）。在DEGs的KEGG环路定性解析中，前30条含有度极高的环路中含27条隶属于产生，各举丁烷产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生4g信号环路有明显含有（图1D）。

图1|转录混合物析和功效划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

凭借对无柄灵芝粉病菌菌丝体对其进行核血清酶质组学浅析，一共敲定了16,457种特点肽、2606种核血清酶质和2588种按量核血清酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的挑选前提条件下，没有你2606种核血清酶质中，94种被亲子鉴定为的的差异表示核血清酶（DEPs），这之中52种上涨，42种上涨（图2A），图2C展示了的的差异表示核血清酶的聚类了解法浅析热图。从GO浅析你看，BP类目展示，几乎数DEPs参于醋酸钠盐可拆分流程、四环素可拆分可拆分流程和治疗药物可拆分可拆分流程。CC类DEPs在内部外区、过钝化物酶体和微体中比率至高，钝化重现酶活性酶类氧和甲酸脱氢酶（NAD）活性酶类氧在MF类中DEPs的此例至高（图2B）。与转录组毕竟相拟，KEGG讯号信号通路浅析展示，一些DEPs在可拆分中丰度，这之中3条最丰度的路线是光合动物技术中的碳一定、碳可拆分和MAPK讯号讯号信号通路（图2D）。与此同时，凭借浅析GO数据信息库的CC对DEPs对其进行亚内部导航定位浅析和参考文献标注（图2E），DEPs最主要的划分在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论体系上是GAs动物技术获得的最主要的具体位置。

图2|淀粉酶质组的一定量深入分析和功能键验正

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

维持生计物转成和参考组待选DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个的差异理解出来遗传染色体组（图3A）。对转录组和核淀粉酶质含量组中E组和C组一共有的DEGs/DEPs采取聚类了解了解，发觉mRNA和核淀粉酶质含量之中有18个调整遗传染色体组和8个调整遗传染色体组，DEGs与他汉语翻译的DEPs理解出来技术呈正涉及到的，应用于Pearson的涉及到的弹性系数了解，在转录组和核淀粉酶质含量组之中检查测量到相比较高的涉及到的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具最后表明，E组和C组19个DEGs的描述情况差距更为明显，各举9个为调涨DEGs，俩个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的描述发展与转录混合物析最后完全一致。

图3|淀粉酶质组的参考值研究和功能键验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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