在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

理论研究后果

1、从光敏培植上皮细胞中去除DNA交连蛋清质

关键在于取出光交连淀粉酶质-DNA复合材料物适代替LC-MS分折，做者激发了种变形纯化计划方案，可从DNA中去就算交连淀粉酶质，仅在照晒时借助直接的上色体组相处聚集DNA交连淀粉酶质。用TRIZOL取出上色质并我们要除被抓获的非交连淀粉酶，其次将其完后熔化分解以经过RNase肠蠕动不好。借助超声清洗剪接所获资金淀粉酶质交连DNA的取出物，在硫氰酸胍中高温变形，并在二钝化硅离心式柱上剧烈地清洗以去就算交连淀粉酶质以至成功完成。借助核酸酶外理从DNA中释放出光交连淀粉酶，并经过胰淀粉酶酶肠蠕动不好适代替LC-MS分折。该的方式排序为淀粉酶质交连DNA取出或XDNAX。

图1.营养素质热塑DNA提现或XDNAX程序流程图模板（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可之间交往DNA的淀粉酶质图谱

将光化学交联策略应运于MCF7体组织，发展了1,805种待选蛋清酶，在当中1,191种存在的于3个或很多次重新中。60%的DNA共同目的组含有核酸结合起来实际的GO注脚，在缺失核酸结合起来实际注脚的蛋清酶质中，非常大的成就出于核纤层蛋清酶，第二步是参与者染色法质安排和体组织裂开的蛋清酶质（图2）。

图2 . 可真接接处 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结怎么写了DNA互相效果组所蕴涵的高淀粉酶质-DNA用户界面以及是指的核苷酸化学交联肽。这涉及到原因（1）球状DNA运用结构特征域、（2）DNA 运用无章区（IDR）和（3）原因与相关高淀粉酶质（譬如组高淀粉酶运用高淀粉酶）、RNA（譬如剪接指数）或相分離区室（譬如核仁高淀粉酶）互相效果而导至的室内环境表示。

图3 . 可之间接触到 DNA的构造域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量细胞核扰动期間与DNA整合的转录细胞

雌雄荷尔蒙肾上腺素受体α（ESR1）驻留着胞质溶胶中，知道面临其配体，闪避易位到血上皮细胞系结构，在一边它与什么是基因组中的某一区域划分根据以提高某一的转录执行程序。将血清饥饿的MCF7血上皮细胞系曝露于高摄入量雌雄荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）4两分种，与模以外理的比对血上皮细胞系较他们的DNA主动能力组（图4A）。至少，雌雄荷尔蒙刺激意义后DNA主动能力组中的ESR1提升了30倍（图4B）。总的比喻，在1,814个化学发光法的核营养物质-DNA主动能力中，约有9%提示出已经超过2倍的明显波动，并观察分析到与ESR1兼备主动能力的核淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌刺激素清理甲状腺癌组织 DNA 相护功效组的化学发光法相当（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

研发开启人类基因遗传组的球脂肪酸以了解它是该如何被写入并付诸现实的，经常是科技人一名长远的理想。人类基因遗传组可及性关键以DNA为中央的弯度确定研发，同时，到近年来 ，染色剂质凝胶的的使用中的哪个球脂肪酸与DNA 发生了力学间接的使用尚不知道。的使用零高度光交连，可表明DNA间接的使用组中的大部分是数球脂肪酸，XDNAX技術将做球脂肪酸-DNA间接的使用研发的更强产品。

拜谱总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的血清质组学、淡化组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

选取文章：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.